Há um rumor na Academia Kamome de que, em algum lugar dentro das dependências da escola, existe um relógio que rege a passagem do tempo na academia. Esse relógio é supervisionado por três guardiões — cada um representando o passado, o presente e o futuro. Apesar disso, um evento imprevisto causa caos, com os alunos envelhecendo rapidamente e a infraestrutura da academia desmoronando.
Nene Yashiro e Kou Minamoto buscam a ajuda de Hanako-kun, embarcando em uma nova aventura para encontrar os responsáveis por essa confusão. No entanto, o que eles descobrem é mais do que apenas a identidade dos culpados. À medida que verdades ocultas são reveladas e novos votos são estabelecidos, os alunos da academia e suas aparições se encontram em um jogo do destino, onde os vivos lutam para se libertar de suas garras. Jibaku Shounen Hanako-kun 2.
